Ergenekon Davası bir torba davaya dönüştürülüp İnternet Andıcı Davası da bu torbanın içine atılınca Genelkurmay İstihbarat E. Başkanı İsmail Hakkı Pekin, diğer silah arkadaşları gibi bir haksızlığa kurban giderek kendini Silivri Cezaevinde buldu. Mesleğinin zirvesindeyken ve Genelkurmay başkanlığına gidecek bir kariyer çizgisinin başındayken uğradığı bu haksızlığın ağır yüküne bir de cezaevindeyken kıymetli annesinin vefatı ve türlü sebepler yüzünden ona son görevini yerine getiremeyişinin hüznü eklenmişti.